《药师经》很早就被翻译成汉文。最早的翻译是东晋帛尸梨密译的《佛说灌顶拔除过罪生死得度经》，即《大灌顶神咒经》卷十二。《药师经》有五译，著名的译师如达磨笈多、玄奘、义净等都有翻译，可见译师们对此经的重视。译本中，以玄奘译《药师琉璃光如来本愿功德经》一卷最为流行。
虽然药师信仰不及弥勒信仰、弥陀信仰流行，但自南北朝开始到现在，中国一直有药师信仰。现在我们还能看到南北朝、隋唐的药师佛像。注疏《药师经》最多的时代是唐代和清代。唐代注疏数量多与玄奘法师重译《药师经》有关。唐代的注疏有窥基的《药师经疏》一卷、靖迈的《药师经疏》一卷、神泰的《药师经疏》一卷、遁伦的《药师经疏》一卷、日僧善珠的《药师经钞》二卷、新罗憬兴的《药师经疏》一卷、新罗太贤的《药师经古迹》二卷。清代的注疏有伯亭老人《药师经疏钞》六卷、灵耀的《药师经直解》一卷、凈挺的《药师经灯焰》一卷、日僧亮汰（1622～1680）的《药师经纂解》四卷。
药师法门是一大法门，其中可分为多个小法门，各个小法门均有其殊胜处。《药师经》以谈如何让众生求得世间的利益居多，如消灾免难、长寿、富饶、获得官位等。但也有谈及修药师法门获得的出世间利益，如令学小乘者进入大乘道、往生西方极乐世界、往生东方净琉璃世界、速证菩提等。以下仅从药师法门“关注现世生活”和“助力往生西方净土”两个方面来谈。
一、关注现世生活
药师佛第二大愿为“开晓事业愿”，即“愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。”药师佛因地发愿成佛时其佛身之光明照及幽冥的苦恼众生，使他们痴暗的心眼开晓，随着他们自己的意趣，做他们所乐意做的种种事业，如读书、上班、经商。也就是启发众生的智慧，开导他们知识和技能。
药师佛第三大愿为“无尽资生愿”，即“愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。”药师佛因地愿以无量无边智慧方便生产大量的受用物资，让众生过着丰足的生活。
药师佛第六大愿是“诸根具足愿”，即“愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、瘖、痖、挛、躄、背偻、白癞、癫狂，种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。”如果众生有残疾、外貌不端严、顽愚（心性鲁钝）、精神病等问题，听闻了药师如来的名号，或一心称念、或礼拜供养，皆蒙药师如来功德威神力的加被，外貌丑陋的转为端正，心性鲁钝的转为聪慧灵敏，残疾的部分都完具起来，疾病也得到彻底治疗。
药师佛第七大愿是“身心康乐愿”，即“愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，病悉得除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。”患疾、贫穷、无家属朋友依靠的众生若听闻药师如来的名号，疾病即得消除，家庭亲属、资生之具都具备丰足起来。而且由听闻名号的善根因缘，能进修福德智慧，最终将证得无上菩提果。
药师佛第十大愿是“从缚得脱愿”，即“愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，缧缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎迫，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。”受刑罚灾难的众生若听闻药师如来名号，由于药师如来圆满福德力和广大的威神力加被，都能解脱一切灾难，免受忧愁苦恼。
药师佛第十一大愿是“得妙饮食愿”，即“愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐而建立之。”药师佛因地发愿：如果有众生被饥渴所逼恼，虽然为了生存而不折手段地获取食物，造下了种种恶业，但是此众生若能听闻药师如来名号，专心忆念，信受奉持，药师如来将先给予上妙饮食使其饱足，然后给予佛法味，让他建立在正法中，获得解脱的究竟安乐。
药师佛第十二大愿是“得妙衣具愿”，即“愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所翫，皆令满足。”众生因贫困而没有衣服蔽体，受到蚊虻、寒热的昼夜逼恼，若听闻药师如来名号，专心称念，如法受持，承药师如来的本愿功德和威神力，将如其所好，获得种种美妙的衣服、装饰品、娱乐用具，得以满足。
如果有众生遇斗争、诤讼、谋害、咒诅等，若能听闻药师琉璃光如来名号，就可承药师佛的本愿功德和威神力远离这些恼害，获得安乐。众生之间由之前的互相恼害转为互相饶益。《药师经》云：
若诸有情，好憙乖离，更相斗讼，恼乱自他，以身语意，造作增长种种恶业，展转常为不饶益事，互相谋害。告召山林树冢等神；杀诸众生，取其血肉，祭祀药叉罗剎娑等；书怨人名，作其形像，以恶呪术而呪诅之；厌媚蛊道，呪起尸鬼，令断彼命，及坏其身。
是诸有情，若得闻此药师琉璃光如来名号，彼诸恶事，悉不能害。一切展转皆起慈心，利益安乐，无损恼意及嫌恨心；各各欢悦，于自所受生于喜足，不相侵凌，互为饶益。
为令众生消除病苦，所求的愿望得到满足，药师如来入定说大陀罗尼曰：“南无薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃，钵喇婆，喝啰阇也，怛他揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛姪他，唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，莎诃。”如果有众生深受病苦，若能为病人用病人的食物、药物、或用没有虫的清净水，持诵神咒108遍，然后给病人服食，病人的所有病苦都会消失。如果病人康复后，还有其它要求，如避免短命、横死等，若能至诚心念诵神咒，便可如愿，没有病苦，延长寿命。命终之后，还可往生东方琉璃净土，得不退转，乃至成就大菩提果。《药师经》云：
若见男子、女人，有病苦者，应当一心为彼病人，常清净澡漱，或食、或药、或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦，悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是，无病延年；命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。
如果有人能恭敬信奉受持《药师经》，以药师如来本愿功德力和听闻、忆念受持药师佛名号的功德善根，可远离种种意外的死亡，也不会被诸恶鬼神，夺其精气，精神不振而颠倒错乱。即使已被夺取精气，也能恢复如初，身心安宁和快乐。对于受持《药师经》的众生，曼殊菩萨发愿护持，他说：“世尊！若此经宝流行之处，有能受持，以彼世尊药师琉璃光如来本愿功德，及闻名号，当知是处无复横死；亦复不为诸恶鬼神，夺其精气；设已夺者，还得如故，身心安乐。”
修持药师法门的仪轨如下：
若有净信善男子、善女人等，欲供养彼世尊药师琉璃光如来者，应先造立彼佛形像，敷清净座而安处之；散种种花，烧种种香，以种种幢幡庄严其处；七日七夜，受持八分斋戒，食清净食，澡浴香洁，着新净衣，应生无垢浊心，无怒害心，于一切有情，起利益安乐，慈、悲、喜、舍，平等之心，鼓乐歌赞，右绕佛像。复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示。
按照此仪轨修习，可得两种效益。一为获得福益，得到长寿、富饶、官位、儿女，经云：“随所乐愿，一切皆遂：求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女。”
二为解脱厄难的效益。其一为解脱于百怪出现难，经云：“若复有人，忽得恶梦，见诸恶相，或怪鸟来集，或于住处，百怪出现；此人若以众妙资具，恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来者，恶梦恶相，诸不吉祥，皆悉隐没，不能为患。”
其二为解脱于一切怖畏难。众生如果能至诚心忆念药师如来的名号，并恭敬供养，便可承此殊胜功德解脱于一切怖畏难。经云：“或有水、火、刀、毒、悬嶮、恶象、师子、虎、狼、熊、罴、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等怖；若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏皆得解脱。”
其三为解脱于外患内乱难。众生遭逢外患内乱，若能忆念、恭敬、礼拜、供养药师如来，即可从外患内乱难中得脱离。经云：“若他国侵扰，盗贼反乱；忆念恭敬彼如来者，亦皆解脱。”
其四为避免女人生产难。如果有女人生小孩时，遭受极大的痛苦，可以至心称名，礼赞供养药师佛，由药师佛的愿力，即可免此苦难。所生的孩子相貌端正，利根聪慧，安定健康，没有非人夺取孩子的精气。经云：“或有女人，临当产时，受于极苦；若能至心称名礼赞，恭敬供养彼如来者，众苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，见者欢喜，利根聪明，安隐少病，无有非人，夺其精气。”
当病人病患垂危时，死相现前，琰魔使者拘引病人的神识到琰魔法王跟前，由琰魔法王根据病人的罪业与福业处理决断他该受何报。此时，如果能为病人皈依药师佛，请众僧诵读《药师经》，燃七层长明灯，悬挂五种彩色的续命神幡，那么有可能病人的神识得复还回来。神识复还回来的时间并不固定，经过七天或二十一天或三十五天、四十九天不定。神识复还回来时，病人如同在梦中醒来，能够记得并知道善业和不善业所招感的善报、恶报。由于病人亲自证见业感果报，未来即使舍弃生命，也不愿意再造恶业。《药师经》云：
时，彼病人亲属、知识，若能为彼归依世尊药师琉璃光如来，请诸众僧，转读此经，然七层之灯，悬五色续命神幡，或有是处，彼识得还。如在梦中，明了自见；或经七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼识还时，如从梦觉，皆自忆知善不善业所得果报。由自证见业果报故，乃至命难，亦不造作诸恶之业。
具体的延寿仪轨可简述如下：受持八分戒斋、供养比丘、礼拜供养药师佛、读诵《药师经》、燃灯、造药师佛像、佛像前置灯、制作五色幡、放生。《药师经》载：
救脱菩萨言：“大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜，受持八分斋戒，应以饮食及余资具，随力所办，供养苾刍僧；昼夜六时，礼拜供养彼世尊药师琉璃光如来；读诵此经四十九遍；然四十九灯；造彼如来形像七躯，一一像前各置七灯，一一灯量大如车轮，乃至四十九日，光明不绝；造五色彩幡，长四十九搩手，应放杂类众生至四十九；可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。”
现在寺院早殿或有延生普佛，就是根据《药师经》而施设的仪轨，祈求药师佛加被，为生者祈求消灾延寿、吉祥平安、福寿康宁。仪轨中，药师佛被尊称为“消灾延寿药师佛”、“药师如来延寿王”。延生赞为：“佛光注照，本命元辰，灾星退度福星临，九曜保长生，运限和平，福寿永安宁。”
祈求药师佛加被以救国难也可以根据此仪轨来修持。国家遭受危难有多种，如民众遭受瘟疫、他国侵犯、国内的叛乱、星宿变怪所预兆的国家灾难、太阳与月亮的异常现象预兆的灾难、不应当刮风下雨的时候刮风下雨、旱灾。由根据仪轨而修的功德善根和药师佛本愿力的加被，国泰民安，帝王也能延年益寿。《药师经》说：
若剎帝利灌顶王等，灾难起时，所谓人众疾疫难，他国侵逼难，自界叛逆难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。彼剎帝利灌顶王等，尔时应于一切有情起慈悲心，赦诸系闭；依前所说供养之法，供养彼世尊药师琉璃光如来。由此善根，及彼如来本愿力故，令其国界即得安隐：风雨顺时，谷稼成熟；一切有情无病欢乐；于其国中，无有暴虐药叉等神恼有情者；一切恶相，皆即隐没；而剎帝利灌顶王等，寿命色力，无病自在，皆得增益。
同样，根据相同的方法，也可以令王后、妃子、太子、王子、官员、宦官、宫女、老百姓的疾病治愈，解脱各种灾难。《药师经》云：“若帝后、妃主、储君、王子、大臣、辅相、中宫、婇女、百官、黎庶，为病所苦，及余厄难；亦应造立五色神幡，然灯续明，放诸生命，散杂色华，烧众名香，病得除愈，众难解脱。”
对于修持药师法门的众生，将得到药叉大将及眷属的卫护，令其远离一切苦难，并满足众生的所有愿求。若众生遭遇疾病、厄难，应该一心读诵《药师经》，用五种颜色的线结成十二药叉大将的名字，药叉大将便前来护持，使众生远离病苦灾难。这是药叉神将所发的誓愿。十二药叉大将各领七千眷属宣誓说：
我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利饶益安乐。随于何等村城、国邑、空闲林中，若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号，恭敬供养者，我等眷属卫护是人，皆使解脱一切苦难；诸有愿求，悉令满足。或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕，结我名字，得如愿已，然后解结。
二、助力往生西方净土
药师琉璃光净土功德庄严与西方极乐净土没有差别。《药师经》云：“然彼佛土（药师净土），一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声。琉璃为地，金绳界道，城、阙、宫、阁、轩、窓、罗网，皆七宝成。亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。”药师佛劝诸行人往生药师琉璃光净土。“诸有信心善男子、善女人等，应当愿生彼佛世界（药师佛净土）。”但药师法门并不仅仅局于劝诸行人往生药师净土。
法法平等无二，发愿往生药师净土或发愿往生西方净土都是善的抉择。诸佛平等心，对各个法门没有褒贬的分别。对于与西方极乐净土有缘的行人，药师法门亦助力其往生西方净土。对以受持过八分斋戒的善根发愿往生西方极乐净土，却没有把握是否能往生西方净土的行人，若能听闻世尊药师琉璃光如来名号，至心持念，依此持念功德和药师佛的本愿力，便可获得助力往生西方净土。此行人临命终时，有八大菩萨（文殊师利菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨）乘神通来（有本作“乘空而来”），指示他往生净土的道路，行人便自然化生于西方极乐净土。《药师经》云：
复次，曼殊室利！若有四众：苾刍、苾刍尼、邬波索迦、邬波斯迦，及余净信善男子、善女人等，有能受持八分斋戒，或经一年，或复三月，受持学处，以此善根，愿生西方极乐世界无量寿佛所，听闻正法，而未定者。若闻世尊药师琉璃光如来名号，临命终时，有八菩萨，乘神通来，示其道路，即于彼界种种杂色众宝华中，自然化生。
明清至现在，恐怕发愿往生西方净土的行人在各个法门中可能是人数最多的。但是否有信心决定往生是个难题。《阿弥陀经》云：“不可以少善根、福德、因缘得生彼国。”若修药师法门，得其助力，往生西方净土则可决定。这一点在修西方净土的法门中，应该颇为重要。这是药师法门的一大殊胜处。
结论
本文着重讨论了药师法门中“侧重现世生活”、“助力往生西方净土”这两个方面的殊胜处。药师法门中“侧重现世生活”说明了佛教并不是完全忽视现世生活，佛教有注重现世生活的一面。作为大乘菩萨，应该考虑众生现世生活的疾苦，也可以像药师佛一样发愿让众生现世能过上安乐的生活。对于有能力的菩萨应该启发众生的世间知识与技能，使他们事业成就。这是菩萨度化众生的方便。印顺法师指出“古代厚生利群的发明家，可以说是佛菩萨的化身”。“侧重现世生活”，这是《药师经》的特点。还有，我们应该于西方净土法门中提倡药师法门中“助力往生西方净土”的方便，这对于想往生西方净土却没有足够把握的净土行人来说应该大有裨益。从此，我们也可以看出，佛法方便有多门，有人天道，有解脱道，有大乘道，这些都是佛陀为接引不同根机的众生而施设的方便。药师法门中“侧重现世生活”的法门可视为人天道。有的众生首先被人天道接引，进而可进入大乘道。法法平等，药师法门、弥陀法门平等无二，我们不应厚此薄彼。